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A transição para a mentalidade cientifica moderna não foi um processo súbito e sem resistências. Forças ligadas ao passado medieval lutaram duramente contra as transformações que se desenvolviam, punindo, por exemplo, muitos pensadores da época e organizando listas de livros proibidos (o Índex).
Foi nesse contexto que vários pioneiros da ciência moderna sofreram perseguição da inquisição, tribunal instituindo pela igreja Católica com fim de descobrir e julgar os responsáveis pela propagação de heresias, isto é, concepção contraria aos dogmas dos católicos.
A formulação de Copérnico de que é o sol, e não a terra, o centro do universo atingia a concepção medieval crista de que o ser humano é o ser supremo da criação e que, por isso, seu hábitat, a Terra, deveria ter o privilegio de ser o centro em relação aos outros astros. Compreende-se assim o mal-estar causado pela tese copernicana.
Outro aspecto que incomodou as autoridades católicas que a natureza e o universo passaram a ser concebidos a partir de um novo paradigma, baseando tanto na observação direta como na representação matemática. Essa mudança de atitude e seus resultados foram entendidos como uma ameaça aos dogmas da igreja, e poderiam afastar as pessoas de fé cristã.