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Entre os anos de 1580 e 1640, a colonização portuguesa sofreu uma relativa mudança com a organização da União Ibérica. Nesse período, os espanhóis tiveram à frente das principais ações administrativas relacionadas ao Brasil. Com essa mudança, os holandeses invadiram o nordeste brasileiro e passaram a dominar a produção açucareira naquela região. Nesse tempo a economia portuguesa ficou seriamente fragilizada e a situação não melhorou muito no século XVII, quando o governo português tinha recuperado o controle da colônia.
Uma grande mudança foi notada quando atingimos o século XVIII, quando foram descobertas as primeiras minas de ouro no interior do Brasil. Sendo uma atividade altamente lucrativa, a mineração trouxe a intensificação da cobrança de impostos e a fiscalização por parte das autoridades portuguesas. Em reação, percebemos que essa época também ficou marcada pelas mais importantes revoltas coloniais.
Os revoltosos tinham motivações e objetivos diversos para protestar: desde a falta de auxílio do governo português, até o exagero nos impostos cobrados. Entre essas revoltas ficaram mais conhecidas a Inconfidência Mineira de 1789 e a Conjuração Baiana de 1798. As duas projetaram o rompimento local com as autoridades portuguesas e a fundação de governos independentes. Contudo, a Conjuração Baiana foi a única que se colocou contra a escravidão e teve a participação intensa de populares.
O ano de 1808 é reconhecido por alguns historiadores como o tempo que a ordem colonial passou a ser desmontada no Brasil. Isso porque a Família Real Portuguesa chegou ao Brasil e concedeu importantes liberdades de ordem econômica e política. Mesmo com maior autonomia, devemos lembrar que era a Coroa Portuguesa que tomava as mais importantes decisões por aqui. É por tal razão que a colonização é oficialmente findada no dia 7 de setembro de 1822, quando nossa independência foi declarada.