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A filogenia (ou filogênese) é o estudo da relação evolutiva entre grupos de organismos. A pesquisa é feita por sequenciamento de dados moleculares e matrizes de dados morfológicos.
O resultado dos estudos filogenéticos é a história evolutiva dos grupos taxonômicos, ou seja, sua filogenia.
Filogenia molecular
As conexões evolutivas entre organismos são representados graficamente através de árvores filogenéticas. Devido ao fato da evolução ocorrer durante longos períodos de tempo algumas características não pode ser observadas diretamente, os biólogos devem reconstruir filogenias examinando marcadores genéticos comuns entre as espécies e levando a inferir as relações evolutivas entre organismos.
A árvore filogenética
Árvore genealógica sugerida por Ernst Haeckel (1866)
A evolução é considerada um processo de ramificação, onde as populações são alteradas ao longo do tempo e formam especiação em ramificações separadas, hibridizando juntas ou terminando em extinção.